15 мая 1951 года, в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 5 мая 1951 года №1456, в Новосибирске был создан Новосибирский институт инженеров водного транспорта.
Приказом Госкомвуза Российской Федерации от 7 июня 1994 г. № 544 и приказом Департамента речного транспорта РФ от 15 июня 1994 г. № 26 НИИВТ переименован в Новосибирскую государственную академию водного транспорта (НГАВТ).
Распоряжением Федерального агентства морского и речного транспорта №АП-7-р от 19 января 2015 года НГАВТ переименован в Сибирский государственный университет водного транспорта.Структурное подразделение Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования "Сибирский государственный университет водного транспорта" (ФГБОУ ВО "СГУВТ") - Новосибирское командное речное училище имени С.И.Дежнева (НКРУ им. С.И.Дежнева). НКРУ им. С.И.Дежнева осуществляет подготовку специалистов по программам среднего профессионального образования по очной и заочной формам обучения.